受注や在庫を一元管理するシステムを使用していますが導入できますか？

はい。以下をご確認ください。

自動価格更新には2つの方法がございます。
A.プライスサーチから楽天などのECへ直接価格を反映
B.プライスサーチから御社FTPサーバへ価格更新ファイルを配置

Aの場合は「一元管理システムによるECへの価格反映」を止めていただく必要がございます。
Bの場合は「プライスサーチ→FTPサーバ→一元管理システム→EC」の流れとなります。